Dejiny tejto školy sa začali odvíjať na jar v roku 1957. V tomto období bolo mesto Veľké Kapušany okresným mestom v Prešovskom kraji. 1. septembra 1957 sa otvorili prvé ročníky budúcej strednej školy. Pri osemročnej základnej škole s vyučovacím jazykom slovenským vznikla 9.trieda s počtom 42 žiakov. Pri osemročnej základnej škole s vyučovacím jazykom maďarským vznikla 9.trieda s počtom 40 žiakov. Oficiálne tak vznikla vo Veľkých Kapušanoch pobočka Jedenásťročnej strednej školy v Michalovciach. Súčasne sa umožnilo doplniť si vzdelanie aj starším obyvateľom blízkeho okolia otvorením dvoch večerných tried s počtom 22 žiakov v každej triede.
V školskom roku 1959/60 došlo k oficiálnemu odpojeniu sa od JSŠ v Michalovciach. Vznikla Jedenásťročná stredná škola vo Veľkých Kapušanoch. Prví maturanti ukončili štúdium v máji 1960.
V januári 1961 došlo k inovácii školského systému, a tak vznikla Stredná všeobecnovzdelávacia škola vo Veľkých Kapušanoch. Jej prvým riaditeľom sa stal Ján Genco.
K výraznej zmene došlo v roku 1969, keď sa obnovilo štvorročné gymnaziálne vzdelanie. Na SVŠ vo Veľkých Kapušanoch vznikla prvá gymnaziálna trieda v školskom roku 1969/70, keď v prvom ročníku boli otvorené tri triedy, z nich jedna gymnaziálna s vyučovacím jazykom maďarským.
Od školského roku 1971/72 sa každoročne na škole otvárajú dve triedy štvorročného gymnaziálneho štúdia.
Medzi priority gymnázia patrí neustále zvyšovanie kvality školy, starostlivosť o talentovaných žiakov, vysoká zapojenosť do vedomostných súťaží, zviditeľňovanie školy a prehlbovanie spolupráce s rodičmi, partnerskými a základnými školami, s podnikateľskými subjektmi a mestským zastupiteľstvom.
Veľkokapušianske gymnázium si za svoju prvoradú úlohu vždy kládlo kvalitnú prípravu mladých ľudí na vysokoškolské štúdium.
